Los primeros testimonios de la ocupación humana de estas tierras la dan los hallazgos arqueológicos del yacimiento de las Eras de San Martín,


Correspondientes a la Primera Edad de Hierro en el siglo VIII a. de C. Sobre este primer poblado se encuentran evidencias de continuidad del poblamiento Segunda Edad del Hierro, correspondientes a la cultura celtibérica. Este asentamiento debe corresponder a Ilurcis, nombre que se cita con ocasión de la fundación de la ciudad romana de Graccurris. El general romano Tiberio Sempronio Graco.

 
Llegó a Ilurcis y tras varios conflictos con la ciudad creó en el 179 a. de C. un nuevo núcleo de población que llevaría su mismo nombre. La nueva ciudad se llamaría Graccurris, la primera fundación romana del Valle del Ebro, y se convertiría en una plaza fuerte que pasaría a ser municipio en tiempos del emperador Tiberio, momento en el que se acuñaron en la ceca de Graccurris ases y semises. Está documentada arqueológicamente la existencia en las Eras de San Martín de un asentamiento perteneciente a la Alta Edad Media, lo cual confirma la continuidad de población en esta ubicación hasta la llegada de los árabes. Los árabes toman el municipio, le cambian de nombre y modifican su ubicación, pasando a denominarse Alfaro sin que se sepa el significado concreto del nombre, que parece estar ligado a la acepción 'castillo' o 'fortaleza'.
El rey cristiano Alfonso I de Aragón el Batallador


toma la ciudad reconstruyendo las murallas. Es este rey quien hace el tan importante primer reparto de aguas, que aún hoy es recordado. En 1253 Alfonso X el Sabio


le otorga carta de villa, aumentándose los privilegios de esta en 1287 por Sancho IV el Bravo, en 1331 por Fernando IV y en el siglo XV por Juan II de Castilla. El litigio sobre las aguas del río Alhama continúa y se intenta resolver en 1437 mediante el matrimonio de Enrique IV de Castilla y Blanca II de Navarra. Felipe IV otorga el título de ciudad a Alfaro en 1629. Hasta 1833, cuando se crea la provincia de Logroño, pertenece a la provincia de Soria. El 21 de julio de 1936 tropas navarras y logroñesas tomaron la ciudad. Siendo la única zona de La Rioja donde se puso resistencia a los sublevados.